Hazırda Bakı Dövlət Universiteti əvvəl S.M.Kirov adına Azərbaycan Dövlət Universiteti kimi fəaliyyət göstərmişdir. Həmin dövrdə universitetdə aspirantura ilk dəfə 1935-ci ildə təşkil olunmuşdur. Aspirantların ilk qrupuna 13 nəfər, 1937-ci ildə daha 15 nəfər qəbul edilmişdir. 1937/38-ci tədris ilində aspirantların sayı 28-ə qədər artmış və bunlardan beşi Moskva və Leninqradda (indiki Sankt- Peterburq) ezam olunmuşdur. 1938/39-cu tədris ilində aspiranturaya yenidən 50 iddiaçı qəbul edilmiş və universitetin aspirantlarının ümumi sayı 78 nəfərə qədər artmışdır. 1944-45-ci tədris ilində aspirantların sayı 65 nəfər olmaqla və aşağıdakı ixtisaslar üzrə hazırlanırdı: Azərbaycan adəbi dilçiliyi, SSRİ tarixi, Ümumi tarix, Kimya, Bioloji elmlər, Riyaziyyat, Fizika, Mexanika, Coğrafiya, Geologiya, Siyasi iqtisad, Fəlsəfə, Pedaqoji, Psixoloji, Rus dili, Fars dili, İngilis, Fransız və alman dilləri. 2000-ci ildə BDU-da  07.07.2000-ci il 1/178 saylı əmrlə Magistratura şöbəsi yaradılmışdır.  02.01.2001-ci il ildə tarixli R-01 saylı əmrlə Magistratura və Aspirantura şöbələri birləşdirilərək Magistratura Aspirantura və Doktorantura şöbəsi adlandırılmışdır. 
2007-2022-ci illərdə Magistratura və Doktorantura şöbəsinin müdiri prof. A.O.Məmmədova olmuşdur (Hazırda Biologiya fakültə dekanı vəzifəsində çalışır).  18.07.2022 tarixli 1/344 nömrəli əmrlə Magistratura və Doktorantura şöbəsinin müdiri dos. Bəşirov Mirnamik Mirəhmədağa oğlu təyin edilmişdir. R/56 nömrəli 12 may 2023-cü il tarixli əmrlə Doktorantura şöbəsi Elmi fəaliyyətin təşkili və innovasiyalar Mərkəsinin nəzdində müstəqil şöbə kimi fəaliyət göstərir.

Hazırda Bakı Dövlət Universitetində doktoranturada fəlsəfə doktoru və elmlər doktoru proqramları üzrə əyani, qiyabi və dissertant yolu ilə 100-dən çox ixtisas üzrə doktorant hazırlığı həyata keçirilir. 600-ə yaxın təhsil alan vardır.  40-dək əcnəbi doktorant fəlsəfə doktoru proqramı üzrə, 10-dək elmlər doktoru proqramı üzrə təhsil alır.  

Hər il 150-dən çox iddiaçı doktorant adını qazanır. 

İş telefonu: (+994) 12 539 6458